1884 metais baronas Ropas Pakruojo dvare apgyvendino dvaro gydytoją Barauską, kuris ten dirbo iki 1920 metų. Jam mirus dvaro gydytoju dirbo gydytojas Blumentalis.
1921 metais gydytojų Švambario ir Benerio iniciatyva, Pakruojo miestelyje, Žalienės privačiame name, įkurta ambulatorija ir 10 lovų ligoninė. 1924 metais į Pakruojį atsikėlė gydytojas Šreiberis, kuris dirbo Pakruojo ligoninėje iki vokiečių okupacijos metų. 1935 metais į Pakruojį atvyko gyd. St. Paulauskas, kuris atidarė 4 lovų gimdymo skyrių, nupirko ir praplėtė ligoninę iki 15 lovų. Tais pačiais 1935 metais, gyd. Šreiberis atidarė savo nuosavame name (Gegužės pirmosios gatvėje) privačią ambulatoriją su stomatologiniu ir rentgeno kabinetais.
1940 metais gyd. Paulauskas ligoninę perkėlė į savo naujai pastatytą privatų pastatą. Tais pačiais metais, spalio mėn., gyd. Paulausko ligoninė buvo nacionalizuota, praplėsta iki 25 lovų ir pavadinta Pakruojo apylinkės ligonine (aptarnavo Šiaulių apskrities Pakruojo, Linkuvos, Lygumų ir Stačiūnų valsčius). Pakruojo apylinkės ligoninės vedėju dirbo gyd. Paulauskas, ginekologu ir vaikų ligų gydytoju dirbo gyd. Šreiberis. Vokiečių okupacijos metu gydytojas Šreiberis buvo sušaudytas (jo vietoje dirbo gyd. Išganaitis). Pokario metais Pakruojo ligoninėje nebuvo gydytojų. Buvę gydytojai pasitraukė į Vakarus, atvažinėdavo iš Lygumų gyd. Muižė. Vėliau vyr. gydytoju buvo paskirta Pašvitinio apylinkės gydytoja Teišerskienė, o ligoninė buvo praplėsta iki 35 lovų.
1952 m. ligoninė praplėsta iki 50 lovų, atidarytas Chirurginis skyrius. 1953 m. ligoninės vyr. gydytoju dirbo gyd. Minginas. 1954–1960 m. vyr. gydytoju dirbo gyd. Muralis, 1960– 1963 m. – gyd. Vaškelis. 1959 metais ligoninė praplėsta iki 75 lovų, 1962 m. – iki 90 lovų, 1963 m. – 100 lovų, pastatytas naujas korpusas ligoninei, 1966 metais ligoninė praplėsta iki 165 lovų ir 1967 m. pastatytas naujas pastatas poliklinikai. 1964–1968 m. – vyr. gydytojas gyd. Kristutis, ir nuo 1969 m. sausio 1 d. – vyr. gydytoju dirbo gyd. Kulčickis-Gutas Teodoras, Hilioro. 1970–1975 m. vyr. gydytoju dirbo gyd. Lickūnas Kazimieras, nuo 1975 m. gruodžio mėn. – gyd. Ramašauskas Algis, o nuo 1978 m. liepos mėn. vyr. gydytoju paskirtas gyd. Vyšniauskas Juozas.
Nuo 1944 metų iki 1950 metų birželio 20 d. Pakruojo ligoninė buvo pavaldi Šiaulių apskrities Sveikatos Apsaugos skyriui. Nuo 1950 metų birželio 20 d. iki 1956 metų gruodžio 25 d. Pakruojo rajono ligoninė buvo pavaldi Pakruojo rajono Sveikatos Apsaugos skyriui. 1956 metų gruodžio mėn. 25 d. Pakruojo rajono ligoninė tapo pavaldi Sveikatos Apsaugos ministerijai. 1963 m. rugsėjo 1 d. Pakruojo rajono ligoninė pavadinta Pakruojo centrinė ligoninė.
Gydytojas Rimas Armonas Pakruojo centrinei ligoninei vadovavo 1986–1997 metais.
1989-ųjų metų lapkričio mėnesį ligoninės teritorijoje tarsi prasidėjo nauja ,,era“ – pridavus naująjį pastatą, čia įsikėlė ir medikai, ir ligoniai. Ir tikriausiai tik vienas vyr. gydytojas Rimas Armonas težinojo, kiek dėl šio, paties moderniausio Pakruojyje statinio, teko paaukoti nervų, kantrybės, laisvalaikio valandų. Visa tai buvo daroma ne dėl savęs – dėl žmonių, ligonių, kurie su didele viltimi žvelgė į naujus sveikatos namus, medicinos darbuotojus, – senojoje ligoninėje dirbusius tikrai nepavydėtinomis sąlygomis.
Pažymima, kad per 25 metus Pakruojo mieste nebuvo pastatyta nė vieno sveikatos apsaugos objekto. Naujoji ligoninė kainavo tris milijonus devynis šimtus keturiasdešimt devynis litus. Naujasis statinys pakeitė ligoninės kasdienybę. Vietoj ankščiau turėtų 165 lovų, vienu metu dabar buvo galima gydyti 265 ligonius. Atsidarė du nauji skyriai: 30 lovų Nervų ligų sk. ir 30 lovų Traumatologijos skyriuje. Išplėsti Terapinio, Gimdymo, Ginekologijos ir Vaikų skyriai. Erdvu klinikinėje ir biocheminėje laboratorijoje, fizioterapijos, gydomosios mankštos, masažo kabinetuose. Ligų diagnostikai – fibrogastroskopijos-endoskopijos, eletrokardiografijos kabinetai. Rentgenologinė tarnyba gauna ne tik naujas patalpas, bet ir naują čekoslovakų gamybos rentgeno aparatą, kurio vertė – 870.000 Lt.
Šiuolaikiškai įrengtos dvi operacinės, viena – planinėms, o kita – ekstrinėms operacijoms. Chirurginiame skyriuje gydomi LOR ir akių ligų ligoniai. Ligoninėje 1991 m. atidarytas Kraujo perpylimo skyrius. Nauja virtuvė nudžiugino šeimininkes, ligi tol triūsusias nepritaikytose patalpose. Iškilo aukšti ir gražūs autogaražo statiniai. Įdomu, kad naujojoje mūsų ligoninėje buvo sumontuoti ir patys pirmieji Pakruojyje liftai. Tokios sąlygos lemia visiškai kitą darbo kultūrą, garantuoja geresnį ligonių aptarnavimą. Be to, vyr. gydytojo iniciatyva, Vidaus ligų skyriuje įrengta koplytėlė tikintiems, kurios nebuvo numatyta net projekte. Tai – žmonėms labai reikalinga nusiraminimo vieta, galinti turėti ne mažesnę veikimo galią kaip vaistai. Ligonių patogumui ligoninėje veikė kirpykla. Med. personalą, gydytojus ir ligonius aptarnauja biblioteka, kurios fonde yra apie 1000 egz. knygų, laikraščių ir žurnalų.
Kolektyvo žmonės labai daug dirbo valydami ligoninės patalpas ir tvarkydami aplinką – norėjosi, kad įkurtuvių šventė būtų kuo gražesnė. Ligoninės oficialus atidarymas įvyko 1989 metų lapkričio 24 dieną. Simbolinį raktą naujakuriams tądien perdavė Panevėžio statybos asociacijos KMK–180 aikštelės viršininkas V. Paknys. Su gražiausiais linkėjimais į šventę atvyko rajono vadovai, žemdirbių, švietimo darbuotojų atstovai, Sveikatos apsaugos ministro pavaduotojas St. Tarbūnas.
Vėliau, palaipsniui, į naują ligoninę buvo perkelti ligoniai, įvairi med. aparatūra. Ir kiekvieną darbą, kiekvieną veiksmą lydėjo nuoširdus ir kartu įsakmus vyr. gydytojo R. Armono ir pavaduotojų gyd. V. Laugalienės ir gyd. G. Lodos rūpestis. Viskas buvo daroma, galvojant ne tik apie naują statinį, aparatūrą, bet pirmiausia – apie žmones, jų gyvybę, sveikatą.
Rūpesčiams išsisklaidžius, medikų kolektyvo žmonės, ligoniai netruko įsitikinti vyr. gydytojo R. Armono polinkiu į kultūrą, noru uždegti visuose bent po kibirkštėlę gėrio ir grožio. Ligoninėje nuolat buvo rengiamos ir fotodailininkų, ir menininkų parodos, koncertai, susitikimai su įdomiais meno žmonėmis.
Nuo 1997 iki 2000 m. ligoninės vyriausiąja gydytoja dirbo gyd. Dalia Petrauskienė. Kaip tik tuomet ir iškilo klausimas dėl šios gydymo įstaigos išlikimo. O tolesnius jos darbus perėmė 2000 m. gruodžio 1 d. ligoninės vadovu tapęs gyd. Vygantas Sudaris (2013 metų rugpjūčio 13 d. Pakruojo ligoninės vadovo pareigybė iš vyriausiojo gydytojo pakeista į direktoriaus).
Vykdant Sveikatos apsaugos sistemos reformą 1997 metais, rugpjūčio mėn. 29 d. Pakruojo centrinė ligoninė pertvarkyta į viešąją įstaigą Pakruojo ligoninę, patvirtinti jos įstatai. Reformos eigoje, siekiant sukoncentruoti antrinio lygio stacionarines paslaugas, vienoje vietoje iš Linkuvos į Pakruojį buvo perkelti Infekcinių ligų ir Tuberkuliozės skyriai. Infekcinis skyrius buvo įrengtas Terapinio skyriaus patalpose, o Tuberkuliozės – tuomet tuščiame vieno iš pastatų antrajame aukšte. Įvykdyti ir kiti pertvarkymai: Nervų ligų skyriuje 7 lovos perprofiliuotos į psichosomatines, Chirurgijos skyrius sujungtas su Traumatologijos skyriumi. Ligoninėje (įskaitant Infekcinių ligų ir Tuberkuliozės skyrius) buvo 330 lovų. Toks skaičius buvo per didelis rajono reikmėms, todėl lovos sumažintos iki 220: Vidaus ligų sk. palikta 40 (buvo 60), Infekcinių ligų sk. – 10 (25), Gimdymo sk. – 20 (30), Chirurgijos sk. – 50 (75), Vaikų l. sk. – 25 (40), Ginekologijos sk. – 25 (30), Tuberkuliozės sk. – 15 (40).
Sumažinus lovų skaičių stacionare, kai kuriuose skyriuose susidarė dirbančiųjų perteklius. Siekiant pagerinti ligonių medicininį aptarnavimą ir įdarbinti atsilaisvinusį personalą buvo atidarytas Reanimacijos skyrius.
Sunkių būklių (ruošiami operacijoms ir po jų) ligoniai buvo guldomi į skyriuose esančias vienutes, dvivietes palatas. Juos gydydavo, stebėdavo bei aptarnaudavo bendras skyriaus medicinos personalas. Dirbant tokiu būdu, buvo sunku užtikrinti savalaikę ir kokybišką pagalbą sunkių ir kritinių būklių ligoniams, todėl ligoninėje buvo reikalinga atidaryti Reanimacijos skyrių, kuriame dirbo atskiras med. seserų ir sanitarių postas. Nervų ligų skyriuje, kuriame daugiausia sunkiai apsitarnaujančių ligonių, buvo diegiamas slaugos modelis. Tačiau nežiūrint to, teko atleisti tris medicinos seseris, penkias sanitares, du pagalbinius darbininkus.
